L'INSP s'est engagé dans la formation initiale et continue du personnel de santé avec l'objectif d'améliorer la qualité des ressources humaines au Burundi. Depuis 2018, cet institut propose un Master en santé publique en collaboration avec quelques partenaires dont l'Ecole de santé publique de l'Université Libre de Bruxelles. Cette spécialisation est destinée aux étudiants titulaires d'un diplôme de médecine générale ou d'une licence souhaitant à un niveau supérieur d'étude.

Ce programme ambitieux exige une disponibilité d'enseignants de profils variés, notamment en épidémiologie et en gestion des systèmes de santé. Et pour certains modules, des défis d'avoir toutes les compétences localement ont été relevés pour assurer cette formation. Afin de faire face à cela, l'INSP et Enabel via le « Programme d'appui au système de santé à travers l'outil de financement basé sur la performance UE-PASS-FBP3 AMAGARA MU MURYANGO » financé par l'Union européenne ont signé une convention de subventions visant à contribuer à ce Master en sciences de la santé publique.

Cette convention vise d'une part à faciliter la mobilité et le séjour des enseignants chercheurs étrangers au Burundi afin de renforcer les échanges des connaissances dans les milieux académiques. D'autre part, ces enseignants externes participeront à l'encadrement des travaux de mémoires des étudiants pour renforcer leur qualité.  

Selon le Docteur Nzigamasabo Didace, médecin chef de district à Kiremba dans la province sanitaire de Ngozi, qui se spécialise en santé publique, option gestion des systèmes de santé : « cette formation permettra aux bénéficiaires d'avoir une bonne maîtrise du management de district, ce qui leur permettra d'améliorer l'offre des soins et services de santé offerts à la population burundaise ».

Un des professeurs visiteur Criss KOBA, enseignant à l'Université de Kinshasa, spécialiste en épidémiologie et gestion des systèmes de santé, estime que les étudiants sont très motivés et engagés dans cette formation. «Le projet de formation auquel j'ai été associé en tant que professeur reste fondamental dans la capacitation des nouveaux experts en santé publique pour le renforcement du système de santé burundais  ». Le Conseil National de l'Enseignement Supérieur (CNES) du Burundi a recommandé de renforcer la disponibilité des enseignants dans les universités du Burundi qui répondent aux profils requis dans l'enseignement du Master en santé publique pour tous les cours  

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