Compte tenu des ressources limitées à disposition et des nombreuses actions nécessaires pour assurer une protection et gestion durable du lac et de son bassin, Enabel intervient sur les actions clé (harmonisation du cadre réglementaire, mise en place d'un système de suivi de la qualité environnementale, renforcement de capacités des autorités de gestion) nécessaires pour créer les bases pour une gestion efficace des ressources en eaux. L’intervention vise à réduire la pollution par des interventions concrètes pilotes, à suivre, contrôler et améliorer la qualité des eaux du Lac Tanganyika et de son Bassin jusqu’à satisfaire des normes régionalement harmonisées à convenir. L’objectif est également d'atténuer les dangers sanitaires, les effets néfastes des pratiques agricoles non-durables et de la dégradation de l’environnement, notamment grâce à l’éducation environnementale. Enfin, le projet appuiera un renforcement des capacités techniques de l’Autorité du Lac Tanganyika (ALT) et des autorités régionales responsables pour qu'elles puissent assurer la gestion, le monitorage et la protection de l'environnement du Lac et de son Bassin.